承接上季，《他和她的喵店長2》繼續走訪不同社區，包括有「香港貓島」之稱的「大澳漁村」、被稱為「香港貓王國」的愛民邨、石硤尾邨、牛池灣村……搜羅當中的「人氣」貓店長，探索人貓共處的窩心故事，帶出社區的變

周小龙（周星驰 饰）与父亲周飞鸿（元华 饰）生活在大澳，与师妹毛毛（毛舜筠 饰）是一对单纯的欢喜冤家。某天，小龙的师叔毛仁（梁家仁 饰）到大澳躲债，飞鸿托阿仁把儿子小龙带到香港发展，阿仁意外发现了小龙